A Mesa Diretora exerce a função administrativa da Câmara Municipal, ou seja, é responsável por sua organização interna, pela regulamentação de seu funcionalismo, pela estruturação e direção dos serviços auxiliares e pela gestão do orçamento da Casa. A Mesa Diretora é constituída pelo presidente, vice-presidente, secretário e tesoureiro. Para a composição da Mesa, excluída a primeira de cada legislatura, é feita uma eleição na última sessão legislativa de cada ano e os parlamentares eleitos passam a dirigir o Poder Legislativo a partir do dia 1º de janeiro. Para mais detalhes sobre a eleição da Mesa Diretora, confira o capítulo IV do Regimento Interno.
Para a sessão legislativa de 2026 a Mesa Diretora da Câmara de Vereadores de São Borja é composta pelos parlamentares:
PRESIDENTE: Lindolfo Matheus Hardt (PP)
VICE-PRESIDENTE: Lu Bidinoto (PRD)
SECRETÁRIO: Eduardo Rocha (PSDB)
TESOUREIRO: Paulo Cesar Ribas Lopes "Cardeal" (PP)
